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「干货集市」使用BUSCO评估基因组组装完整性

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浏览:- 发布日期:2017-12-08 15:13:45【

1:软件网站链接:http://busco.ezlab.org


2:软件所需其它环境:Augustus (> 3.2.1) HMMER (HMMER v3.1b2) NCBI BLAST+ 

export PATH="/path/to/AUGUSTUS/augustus-3.2.3/bin:$PATH"

export PATH="/path/to/AUGUSTUS/augustus-3.2.3/scripts:$PATH"

export AUGUSTUS_CONFIG_PATH="/path/to/AUGUSTUS/

augustus-3.2.3/config/"

 

3:所需数据库下载链接:

# Bacteria

wget http://busco.ezlab.org/v2/datasets/bacteria_odb9.tar.gz

wget http://busco.ezlab.org/v2/datasets/proteobacteria_odb9.tar.gz

wget http://busco.ezlab.org/v2/datasets/rhizobiales_odb9.tar.gz

wget http://busco.ezlab.org/v2/datasets/betaproteobacteria_odb9.tar.gz

wget http://busco.ezlab.org/v2/datasets/gammaproteobacteria_odb9.tar.gz

wget http://busco.ezlab.org/v2/datasets/enterobacteriales_odb9.tar.gz

wget http://busco.ezlab.org/v2/datasets/deltaepsilonsub_odb9.tar.gz

wget http://busco.ezlab.org/v2/datasets/actinobacteria_odb9.tar.gz

wget http://busco.ezlab.org/v2/datasets/cyanobacteria_odb9.tar.gz

wget http://busco.ezlab.org/v2/datasets/firmicutes_odb9.tar.gz

wget http://busco.ezlab.org/v2/datasets/clostridia_odb9.tar.gz

wget http://busco.ezlab.org/v2/datasets/lactobacillales_odb9.tar.gz

wget http://busco.ezlab.org/v2/datasets/bacillales_odb9.tar.gz

wget http://busco.ezlab.org/v2/datasets/bacteroidetes_odb9.tar.gz

wget http://busco.ezlab.org/v2/datasets/spirochaetes_odb9.tar.gz

wget http://busco.ezlab.org/v2/datasets/tenericutes_odb9.tar.gz

        

# Eukaryota

wget http://busco.ezlab.org/v2/datasets/eukaryota_odb9.tar.gz

wget http://busco.ezlab.org/v2/datasets/fungi_odb9.tar.gz

wget http://busco.ezlab.org/v2/datasets/microsporidia_odb9.tar.gz

wget http://busco.ezlab.org/v2/datasets/dikarya_odb9.tar.gz

wget http://busco.ezlab.org/v2/datasets/ascomycota_odb9.tar.gz

wget http://busco.ezlab.org/v2/datasets/pezizomycotina_odb9.tar.gz

wget http://busco.ezlab.org/v2/datasets/eurotiomycetes_odb9.tar.gz

wget http://busco.ezlab.org/v2/datasets/sordariomyceta_odb9.tar.gz

wget http://busco.ezlab.org/v2/datasets/saccharomyceta_odb9.tar.gz

wget http://busco.ezlab.org/v2/datasets/saccharomycetales _odb9.tar.gz

wget http://busco.ezlab.org/v2/datasets/basidiomycota_  odb9.tar.gz

wget http://busco.ezlab.org/v2/datasets/metazoa_odb9.tar.gz

wget http://busco.ezlab.org/v2/datasets/nematoda_odb9.tar.gz

wget http://busco.ezlab.org/v2/datasets/arthropoda_odb9.tar.gz

wget http://busco.ezlab.org/v2/datasets/insecta_odb9.tar.gz

wget http://busco.ezlab.org/v2/datasets/endopterygota_odb9.tar.gz

wget http://busco.ezlab.org/v2/datasets/hymenoptera_odb9.tar.gz

wget http://busco.ezlab.org/v2/datasets/diptera_odb9.tar.gz

wget http://busco.ezlab.org/v2/datasets/vertebrata_odb9.tar.gz

wget http://busco.ezlab.org/v2/datasets/actinopterygii_odb9.tar.gz

wget http://busco.ezlab.org/v2/datasets/tetrapoda_odb9.tar.gz

wget http://busco.ezlab.org/v2/datasets/aves_odb9.tar.gz

wget http://busco.ezlab.org/v2/datasets/mammalia_odb9.tar.gz

wget http://busco.ezlab.org/v2/datasets/euarchontoglires_ odb9.tar.gz

wget http://busco.ezlab.org/v2/datasets/laurasiatheria_odb9.tar.gz

wget http://busco.ezlab.org/v2/datasets/embryophyta_odb9.tar.gz

wget http://busco.ezlab.org/v2/datasets/protists_ensembl.tar.gz

wget http://busco.ezlab.org/v2/datasets/alveolata_stramenophiles_ensembl.tar.gz


4:数据库对应物种关系:

2345_image_file_copy_3

微信图片_20171208152451

5:解压其中一个数据:tarzvxf vertebrata_odb9.tar.gz 


6:python run_BUSCO.py -iYOUR_SEQUENCE_FILE.fa -o OUTPUT_NAMe  -l /NAME_OF_LINEAGE -m geno

-m or --mode sets the assessment MODE: genome(geno), proteins(prot), transcriptome(tran)

 

7:关于软件运行时间的问题:Example assessment runtimes (gene sets with 5 CPUs, genomes with 12 CPUs): 

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