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表达谱芯片应用


检测基因表达水平、差异基因筛选、基因功能研究

Affymetrix芯片平台

技术特点

采用独特的光蚀刻原位合成技术合成芯片
采用短探针设计(通常25mer长度),具有较好的灵敏度
采用多位点探针设计,即对一个基因转录本,设计多个探针,综合评价基因表达量

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欧易生物是Affymetrix基因芯片官方认证服务商

技术流程

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 Affymetrix  IVT

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芯片类型

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欧易特色


完整的硬件系统:配备有芯片检测所需的所有仪器,包括杂交炉、扫描仪、2100样品质控系统等
专业的技术操作人员:十年以上芯片实验操作经验
专业的生物信息分析团队,熟悉各种分析算法和软件
更个性化的生物信息分析服务:与客户充分互动,提供更多个性化分析思路和分析方案
完善的后续验证支持:持续专注于mRNA的定量检测,为上千位客户提供过相关服务


表达谱芯片分析流程


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 表达谱芯片技术参数

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案例展示

案例一  三阴性乳腺癌中TRA2A通过调控可变剪切促进紫杉醇耐药和肿瘤发展

研究背景

目前仍缺乏治疗三阴性乳腺癌(TNBC)的有效手段,其中,紫杉醇耐药是治疗主要的障碍之一。已证实选择性剪接的失调可能会导致肿瘤发展和化疗耐药。人类选择性剪接调控基因TRA2有两个旁系同源基因分别负责编码TRA2A和TRA2B,已有研究证明TRA2B与癌细胞存活和治疗敏感性有关,但TRA2A在肿瘤发展中发挥的功能尚不清楚。


研究内容

欧易生物携手天津医科大学,对过表达TRA2A的细胞株和正常细胞株进行表达谱芯片筛选,分析TRA2A调控的可变剪接。最终研究表明三阴性乳腺癌中TRA2A可以增强癌细胞的增殖、迁移和侵袭能力。此外,TRA2A可以通过调控与癌相关的可变剪接增强乳腺癌细胞对紫杉醇的抗性。

微信截图_20181022141106


研究结果

1. 对正常乳腺癌细胞和紫杉醇抗性乳腺癌细胞株进行表达谱芯片筛选,发现抗性细胞株中TRA2A特异性高表达。
2. 验证TRA2A的功能,发现过表达TRA2A可以促进癌细胞迁移和侵袭。
3. 通过表达谱芯片进行可变剪接筛选,筛选得到7个候选基因,随后,紫杉醇处理癌细胞后发现其中的三个基因(CALU、
RSRC2和PALM)发生可变剪接,表明紫杉醇抗性细胞株中TRA2A主要调控CALU、RSRC2和PALM的可变剪接。
4. 临床组织样本验证TRA2A的表达和CALU、RSRC2和PALM的可变剪接,发现TRA2A的表达与三阴性乳腺癌病人生存率、肿瘤发展阶段以及紫杉醇抗性等密切相关。在肿瘤复发和转移组织样本中发现,RSRC2的两个转录本中RSRC21高表达而RSRC2s低表达。对RSRC2s进行功能验证,结果表明RSRC2s的敲降增强了细胞对紫杉醇的耐药性。
5. 通过PubMed发现RSRC2中RSRC21保留了第四个外显子,该外显子含有一个提前终止密码子,使得RSRC21不能正常
翻译成功能蛋白。随后,作者通过可变剪接微基因报告方法证明了TRA2A通过调控可变剪接使得RSRC21高表达RSRC2s低表达,从而抑制功能蛋白的表达。


 

参考文献
Liu T, Sun H, Zhu D, et al. TRA2A Promoted Paclitaxel Resistance and Tumor Progression in Triple-Negative Breast Cancers via Regulating Alternative Splicing. Mol Cancer Ther 2017; 16(7): 1377-1388. (IF: 5.579)



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